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腫瘤浸潤淋巴細胞可作為新的抗PD-1療效的泛癌預(yù)測生物標志物

2021-02-27 21:53

大家好，今天茶葉蛋和大家分享的是一篇13＋分的學(xué)習(xí)筆記。

題目：腫瘤浸潤淋巴細胞signature可作為一種新的抗PD－1／PD－L1療效的泛癌預(yù)測生物標志物

一、研究背景

免疫治療的迅速發(fā)展為廣大癌癥患者帶來了福音，但目前被廣泛用于預(yù)測免疫治療療效的方法仍然只有基于PD－L1的免疫組化評估，在目前的臨床應(yīng)用中還遠遠不夠。在本篇學(xué)習(xí)筆記中提出了一個包括40個基因的腫瘤浸潤淋巴細胞（TIL）signature評分，希望通過深入探究TIL評分以及其中包含的淋系和髓系評分在各類癌癥中的特征以及預(yù)后預(yù)測性能，為免疫治療相關(guān)分子標記的進一步的研究奠定基礎(chǔ)。

二、研究流程

三、結(jié)果解析

1．泛癌TCGA隊列中TIL以及淋系、髓系評分的特征

在本文中，TIL評分由4個10－gene signature組合而成，這4個signature分別被用作評估淋系、髓系、基質(zhì)和腫瘤細胞含量。根據(jù)腫瘤類型的不同，TIL評分為淋系＋髓系兩項評分的組合或上述四項的組合。計算了TCGA泛癌隊列中32種癌癥類型的8975例患者的TIL評分之后，可發(fā)現(xiàn)評分在不同腫瘤類型之間存在差異（圖1A），而單獨對患者使用淋系評分（圖1B）和髓系評分（圖1C）的結(jié)果也顯現(xiàn)出各自不同的分布情況。

隨后，對TIL評分、淋系評分和髓系評分之間的相關(guān)性進行探索（圖1D）。因為TCGA泛癌數(shù)據(jù)集還包含了代表性的HE染色圖像，使用人工智能軟件基于這些圖像對13種癌癥類型的3304例患者的TIL進行了量化分析并將分析結(jié)果納入相關(guān)分析中。另外，還納入了TCGA中的另一個經(jīng)典評估變量——基于甲基化情況計算的白細胞評分。上述5個變量之間的相關(guān)矩陣顯示這些評估方法之間存在弱但顯著的相關(guān)性，且根據(jù)HE染色估算的TIL評分與淋系評分的相關(guān)性比與髓系評分的相關(guān)性高（圖1D）。上述結(jié)果提示基于基因signature的TIL評分是一種可以用來估計TCGA泛癌隊列中淋系和髓系兩種細胞含量的方法，而根據(jù)HE染色估算的TIL評分以及基于甲基化情況計算的白細胞評分可能更適合于研究淋系細胞的富集而非整體的免疫浸潤情況。