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引言：在前面我們了解了如何使用TCGAbiolinks檢索并獲取TCGA數據庫的公開數據。今天小編就用前面涉及到的代碼，下載今天數據準備需要用到的TCGA樣本數據。

一、數據下載階段

第一步：GDCquery（）篩選我們需要的數據，TCGAbiolinks包下載TCGA數據進行表達差異分析－肝癌案例

library（＂TCGAbiolinks＂）

query ＜－ GDCquery（project ＝ ＂TCGA－LIHC＂，

data．category ＝ ＂Transcriptome Profiling＂，

data．type ＝ ＂Gene Expression Quantification＂，

workflow．type ＝ ＂HTSeq － Counts＂）

上圖為通過TCGA GDC鏈接中根據篩選條件查看的符合要求結果。下圖為通過GDCquery（）函數中傳入對應的參數得到的結果。兩者對比，我們可以發現，兩者是一模一樣的。說明代碼執行正確。前面一期中，我們有詳細談及 GDCquery，可做參考。

samplesDown ＜－ getResults（query，cols＝c（＂cases＂））

＃getResults（query， rows， cols）根據指定行名或列名從query中獲取結果，此處用來獲得樣本的barcode

＃ 此處共檢索出424個barcodes

getResults（）中用到的參數：

參數用法query
來自GDCquery的結果rows用于指定特定的行cols用于指定特定的列

＃ 從samplesDown中篩選出TP（實體腫瘤）樣本的barcodes

＃ TCGAquery＿SampleTypes（barcode， typesample）

＃ TP代表PRIMARY SOLID TUMOR；NT－代表Solid Tissue Normal（其他組織樣本可參考學習文檔）

＃＃此處共檢索出371個TP樣本barcodes

dataSmTP ＜－ TCGAquery＿SampleTypes（barcode ＝ samplesDown，

typesample ＝ ＂TP＂）

＃ 從samplesDown中篩選出NT（正常組織）樣本的barcode

＃此處共檢索出50個NT樣本barcodes

dataSmNT ＜－ TCGAquery＿SampleTypes（barcode ＝ samplesDown，

typesample ＝ ＂NT＂）

TCGAquery＿SampleTypes中的參數詳解：

參數用法barcodeTCGA中的barcodes列表typesample用于指定篩選哪種類型的組織樣本，如腫瘤組織“TP”，正常組織“NT”

補充TCGA中的組織樣本類型：

TPPRIMARY SOLID TUMORTMMetastaticTRRECURRENT SOLID TUMORTAMAdditional MetastaticTBPrimary Blood Derived Cancer－Peripheral BloodTHOCHuman Tumor Original CellsTRBMRecurrent Blood Derived Cancer－Bone MarrowTBM Primary Blood Derived Cancer－Bone MarrowTAPAdditional－New PrimaryNB Blood Derived Normal NTSolid Tissue NormalNBCBuccal Cell Normal???NEBVEBV Immortalized NormalNBMBone Marrow Normal